清流中學地處浦東新區上南新村，1990年在區重點中學上南中學原址上成立了公辦初級中學——上南二中，1993年更名為清流中學。老作家峻青先生曾為學校潑墨題詞：“一江春水在清流

，一表人才出清流”
，以勉勵清流師生勵精圖治，實幹興校
，精心育人，廣出人才。這始終鼓舞著清流中學的全體師生不斷進取，勇於創新。2001年5月
，被市教委命名為上海市二期課改實驗基地。 1993年以來
，學校集體和師生個人獲市級榮譽累計50項、區級榮譽320項。學校為區三星級行為規範示範校、文書檔案管理市級先進

、區衛生標兵單位、連續十一年榮獲“浦東新區綜合治理先進單位”稱號，2000年9月學校成為市教委命名的“上海市二期課改試驗基地”。2004年6月
，學校抓住機遇，承接了盧家楣教授的國家級課題“情感教學模式

、策略
、評價”的實踐任務，成為盧家楣情感教學研究基地。2004年3月，經新區督導評估
，確定學校整體辦學水平為規範二級，發展評估為A等。 該校是市、區重點加強初中加強建設工程的學校之一，同時，浦東新區社會發展局根據《浦東新區教育事業“十五”計劃與遠景目標》優化學校形態布局的目標
，將同樣被列為重點加強初中建設工程學校的育青中學劃入清流中學，形成了一校二區的辦學新格局。